在具体操作上，参合患者门诊就医发生的医药费、检查费，由接诊定点医疗机构按补偿标准当即直接补偿，并由定点医疗机构打印补偿凭证，患者签字认可。各定点医疗机构每月在规定的时间将门诊处方、门诊补偿凭证（收费收据）、新农合门诊统筹补偿登记表、补偿汇总表一并报乡镇合管站进行审核，乡镇经办人员每月按规定时间上报县（市）经办机构复审，通过复审后，县（市）经办机构按审核金额及时拨付。门诊普通疾病的报销应实时结算，参合农民不得累计后参与报销。
一般住院年最高可补偿15万
住院补偿是新农合费用补偿中数额最大的一部分。2015年，石家庄市新农合住院补偿封顶线为每名参合农民每年15万元，不分医疗机构级别，全年累计计算，包括一般住院补偿、正常产住院分娩补助、特殊病种大额门诊补偿、意外伤害补偿及住院二次补偿。
一般住院补偿方面，市级推荐三套方案供各县（市）区选择。三套方案均将新农合定点医疗机构分为六个层次，按照从乡级到省级以上的顺序，起付线依次提高，补偿比依次降低。其中，方案一中，乡级医疗机构住院补偿起付线低至100元，补偿比高达95%，补偿力度最大。在层次最高的省级以上医疗机构方面，三套方案都把起付线定为4000元，补偿比同样是40%。
市卫生计生委有关负责人表示：与上年相比，今年新农合方案的最大亮点是县、乡两级医疗机构的补偿力度进一步加大，可有效引导参合农民在县域就医，最大限度发挥新农合基金的补偿作用。
